2017年12月28日，中国南方航空股份有限公司云南分公司注册成立。公司自2017年底开始筹建。2018年3月，南航云南分公司正式挂牌成立，成为第7家入驻昆明长水国际机场的基地航空公司，也是南航旗下第23家航空运输分子公司。公司成立初期负责人为李栋梁（2018年），后于2020年3月变更为谭光，2022年8月变更为李豫。2019年12月25日，公司开通广州—昆明—伊斯兰堡航线，这是其运营的首条从昆明本地出发的国际航线。组织架构截至2026年3月，公司负责人为李豫。公司曾经历负责人变更，李栋梁于2018年担任总经理，谭光于2020年接任，李豫于2022年接任。公司设有综合部、销售部、保障部、人力资源部等部门。主营业务与航线网络2026年夏秋航季（3月29日至10月24日），南航云南分公司在云南省内共执飞33条航线，计划日均往返航班量达137班次，通航19个省外城市和7个省内城市。在昆明机场，计划执飞17条航线，日均往返95班次，通航北京、上海、广州、深圳等18个国内城市，其中昆明至广州、北京大兴、深圳的每日往返班次分别达18班、12班、8班。在大理、丽江等6个州市，计划执飞16条航线，日均往返42班次，通航北京、广州、深圳等8个国内城市。货运方面，南航物流为云南鲜花、蓝莓等特色农产品提供冷链物流解决方案，开通专属生鲜运输通道，利用多式联运模式保障运输时效与品质。运营与服务根据2026年夏秋航季（3月29日至10月24日）计划，南航云南分公司在云南省内执飞航线33条，计划日均往返航班量达137班次，通航19个省外城市和7个省内城市。其中，在昆明计划执飞17条航线，每日往返航班量达95班次，通航北京、上海、广州、深圳等18个国内城市；在大理、丽江等6个州（市）计划执飞16条航线，每日往返航班量达42班次，通航北京、广州、深圳等8个国内城市